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Filho de Bonifácio José Ribeiro de Andrada e Maria Bárbara da Silva, José Bonifácio era membro de uma família da aristocracia portuguesa. Antes de partir para Portugal, ele freqüentou aulas de Gramática, Retórica e Filosofia nos cursos abertos por D. Frei Manuel da Ressurreição. Em 1783, aos 20 anos, ingressou na Universidade de Coimbra, onde cursou Direito, Matemática e Filosofia Natural. Desde cedo, demonstrava vocação para as pesquisas, e em 1789 foi admitido como sócio livre da Academia, o que lhe abriu caminho para uma carreira de cientista.
Em 1790, viajou pela Europa, em uma excursão científica, para adquirir os conhecimentos mais perfeitos de Mineralogia, filosofia e História Natural, presenciando, assim, o início da Revolução Francesa. Na ocasião, estudou Química e Mineralogia, na Escola Real de Minas. Viajou mais de dez anos pela Europa, regressando a Portugal em setembro de 1800, quando ganhou o título de doutor em filosofia, destacando-se também como geólogo e metalurgista. Tornando-se intendente-geral das minas de Portugal, ganhou cargos de relevância, passando a chefiar a polícia do Porto, após a expulsão dos franceses que haviam invadido Portugal em 1807 durante a expansão napoleônica.
Apenas em 1819, aos 56 anos, Bonifácio retornou ao Brasil, dedicando-se aos estudos de minerais. Como vice-presidente da Junta Governativa de São Paulo, tornou-se figura de projeção política a partir de 1821. Em 1822, ocupou o ministério do Reino, tornando-se, junto a D. Pedro, o principal obreiro da Independência. A aliança com o imperador não durou muito tempo, e em 1823, ao lado de seu irmão Martim Francisco, afastou-se dos Conselhos da Coroa, iniciando oposição a D. Pedro. Nesse ano, foi deportado para a Europa e exilado por seis anos. Regressou ao Brasil em 1829, e foi residir na Ilha de Paquetá, de cujo retiro saiu apenas para assumir a cadeira de Deputado pela Bahia, como suplente, nas sessões legislativas de 1831 e 1832. Reaproximou-se novamente do Imperador que, ao abdicar à Coroa, em 1831, o indicou-o para tutor de seu filho - o futuro Dom Pedro II.
No ano de 1833, foi destituído da tutoria, pela Regência. Ficou em prisão domiciliar até 1835, quando terminou o processo-crime instaurado contra ele por conspiração e perturbação da ordem pública. Mudou-se nos últimos dias de vida para Niterói, Rio de Janeiro, onde veio a falecer em 1838.